《女校通缉令》讲述了警局里有名的倒霉兄弟“鼠标”和“键盘”,总是功劳没份,投诉成堆,两个人彼此看不顺眼,一心想着能换掉这个倒霉的搭档。处长答应他们如果成功破获一次案子就考虑他们换搭档的请求,于是二人自告奋勇的来到一所贵族女校担任卧底去追查一起关于“面膜上瘾”的案件。在接头人Boos杨的支持下,两人虽然乌龙不断,但凭借女性装扮也得到不少便利,渐渐摸清线索,而与此同时,让两个倒霉兄弟惊讶的是,在这所学校内还隐藏了一起走私军火案,在卧底查案中,二人摒弃成见,开始认真追寻线索…….